Meski demikian, ia sempat menyampaikan permintaan maaf secara terbuka kepada umat Nasrani setelah menyelesaikan masa hukumannya.
Wafatnya Ustaz Yahya Waloni saat khotbah Jumat menjadi momen yang menggetarkan hati banyak umat.
Sosok pendakwah kondang ini akan selalu dikenang sebagai ulama yang memilih jalan dakwah dengan penuh keberanian, meski tidak lepas dari kontroversi sepanjang hidupnya.